Henri Bégouën se rend à plusieurs reprises dans les pays baltes. En 1928, il est invité à présenter une conférence sur ses voyages en Finlande, qui l’amène à contempler la mer baltique gelée. Plus tard, en 1932, c’est en tant qu’archéologue qu’il visite le site de Sandimärdi en Estonie. C’est à cette occasion qu’il se rend à Kaunas en Lituanie.