Alors qu’il est encore enfant, Henri Bégouën voyage pour la première fois en Autriche-Hongrie avec son père en 1879. Ils rendent alors visite au géologue Joachim Barrande, alors établi en Bohême. Plus tard, à l’âge de 25 ans, son travail pour le Journal des Débats l’amène à nouveau à faire route vers l’Est en août 1887. Son voyage a principalement pour but de renseigner la France sur l’organisation politique de la région avec la question de l’éveil des nationalités, cause à laquelle il se rallie dès son arrivée. Cependant il est rapidement rappelé en France pour des raisons familiales, et interrompt son enquête. Il laisse toutefois derrière lui un correspondant à Prague pour le journal, M. Karel Kramar.
Par la suite, Henri Bégouën a eu l’occasion d’exprimer à nouveau son soutien à l’égard du mouvement tchécoslovaque. Durant la première guerre mondiale, en 1917, il est envoyé en mission officieuse en Suisse afin de servir d’intermédiaire pour Edvard Bénès, membre du conseil national tchécoslovaque.
Henri Bégouën use de son passeport diplomatique pour faire passer des lettres et des documents. Il sera honoré de la distinction de commandeur de l’ordre du Lion Blanc, en remerciement de ses services pour la cause tchécoslovaque. En outre, il devient également membre de l’Institut d’Anthropologie de l’Université Charles à Prague et de l’université Masaryk à Brno.
Après la guerre, il se consacre davantage à son travail sur l’archéologie préhistorique qui l’amène à retourner dans la région, désormais reconnue comme la Tchécoslovaquie. En effet, en 1924 il est secrétaire général pour le Congrès international d’anthropologie et d’archéologie préhistorique organisé à Prague et à Brno. A cette occasion, il a pu observer le patrimoine préhistorique Tchécoslovaque, et notamment découvrir le gisement de Vistonitzé (un ossuaire de mammouths). Cette dernière découverte est alors le prétexte à d’autres voyages en 1928 et en 1932, afin de se tenir informé de la progression des recherches.
- Bégouën Henri, 1937, Impressions de voyage en Tchécoslovaquie 1879 – 1932, Toulouse, Imprimerie du Sud-Ouest.