L’ancienne école normale devient, en 1991, un Instituts Universitaires de Formation des Maîtres (IUFM) en charge de la formation des professeurs des écoles, des professeurs du second degrés en Lettre et disciplines artistiques. Depuis 2008, seuls les professeurs des écoles sont formés à Montauban. Les Écoles Supérieures du Professorat et de l’Éducation (ESPE) sont créées en 2013, à la place des IUFM. En 2019, les ESPÉ changent de nom et sont rebaptisées Institut National Supérieur du Professorat et de l’Éducation (INSPE).
Le Conseil général de Tarn-et-Garonne a initié, dès le milieu des années 1980, une démarche qui souhaite implanter à Montauban des formations d’enseignement supérieur, en lien avec les universités toulousaines. Jean-Michel Baylet, président du Conseil général et ministre délégué au Tourisme, permet en 1991, l’ouverture d’un Diplôme d’Université (DU) Droit, Économie et Gestion du Tourisme International. Cette formation est dispensé par l’Université des Sciences sociales jusqu’en 1994.
Dans le cadre de la déconcentration des formations universitaires à l’extérieur des métropoles congestionnées rendue possible par les lois de décentralisation, une deuxième implantation universitaire commence dès la rentrée 1994, délocalisation des universités Toulouse 1 Capitole (UT1) et Toulouse le Mirail (UTM). UT1 apporte une première année Sciences Économiques (AES-Droit) tandis que UTM apporte une première année Langues Étrangères Appliquées (LEA). Ce projet comporte une période d’orientation avec un tronc commun de plusieurs semaines en début d’année universitaire, pendant lequel les étudiants AES et LEA suivent les mêmes enseignements. Mais la faiblesse du nombre des inscriptions d’étudiants à cette maquette originale conduit à la séparation des filières UT1 et UTM en 1997.
L’UT1 présente alors une maquette pédagogique pour un Diplôme d’Études Universitaires Générales (DEUG) de Droit, mais avec un volume d’enseignement en Langues conservé en L1, contrairement à Toulouse. Le pari a été tenu à l’antenne UT1 de Montauban jusqu’à aujourd’hui avec l’implantation de la licence en Droit, formation généraliste de trois ans permettant de s’orienter vers un des deux parcours proposés, droit public ou droit privé.
L’UTM, devenue Université Toulouse 2 Jean Jaurès (UT2J), ouvre une antenne du Département Archive et Médiathèque (DAM), pour former en Institut Universitaire Professionnalisé (IUP) des spécialistes de la documentation et de l’archivage. Un second IUP Arts Appliqués rejoint le Campus Montauriol en 2003. L’IUP DAM a fermé aujourd’hui, tandis que l’IUP Arts Appliqués s’est mué en Institut Supérieur Couleur Image Design (ISCID), seule formation universitaire française consacrée à la création et au design dans le champ de la couleur appliquée aux métiers de l’artisanat et de l’industrie.
Les restructuration successives commencent en 1998 avec la transformation de la salle polyvalente (ancien gymnase de l’École Normale) en médiathèque et la création d’un auditorium de 120 places. Un hourdis est construit pour former un étage. Le RDC accueille actuellement les fonds documentaire d’UT1, de l’ISCID et de l’INSPE. Le 1er étage accueille les espace CANOPE et IFMS. Le volume initial, de double hauteur, a été conservé dans le hall d’accueil.
En 2007, un partenariat entre l’État, la Région, le Conseil Général et la Commune de Montauban va permettre de bâtir un restaurant universitaire d’une superficie de 1100 m2 , dans le parc en partie centrale du site.
Le fonctionnement du restaurant universitaire était placé jusqu’à présent sous l’autorité administrative de l’IUFM dans la cantine de l’école annexe Robert Ligou (avec mise à disposition de personnels du Conseil Général). En 2013, le Conseil Général reprend la gestion complète du restaurant universitaire.
Sur la base du même partenariat entre l’État, la Région, le Conseil Général et la Commune de Montauban, les locaux pédagogiques et administratifs de l’IUP Arts appliqués sont construits en 2013 sur l’emplacement de l’ancienne École annexe Robert Ligou, à l’angle du boulevard Hubert Gouze et de l’avenue Beausoleil. L’IUP Arts Appliqué se transforme alors en Institut (ISCID).