Journée d’étude – Des molécules, des hommes, et des ordinateurs : introduction et usage de l’informatique dans les sciences biomoléculaires

Demi-journée d’étude le 31 mars 2011 :

« Des molécules, des hommes, et des ordinateurs : introduction et usage de l’informatique dans les sciences biomoléculaires »

à l’Université Bordeaux 1, Bâtiment B5, dans le Petit Amphithéâtre de Biologie Animale.

Dans une série de conférences publiées en 1966 sous le titre « Of Molecules and Men », Francis Crick, alors prix Nobel de médecine et membre fondateur du Laboratory of Molecular Biology de Cambridge, expose une attaque en règle du vitalisme, entendu comme ce qui, dans le vivant, résiste aux explications physico-chimiques. Pour le co-inventeur du modèle de la double hélice d’ADN : « Le but ultime du mouvement moderne en biologie est en fait d’expliquer toute la biologie en termes de physique et chimie. » Et Crick d’exposer son programme, celui d’une biologie où le vivant sera calculable, où la « solution complète » de la bactérie Escherichia coli sera d’expliquer toutes ses fonctions en termes d’interactions entre molécules de structures connues. Si on ne pouvait pas battre à ce jeu l' »ordinateur analogique » qu’est la nature elle-même, Crick ne désespère pas que l’on puisse un jour calculer le repliement d’une protéine.

Il est bien connu comment, dans les années 1960, le « mouvement moderne » de la biologie moléculaire s’est structuré autour des notions d’information, de code et de programme génétiques. Ces notions, importées du champ de la cybernétique, furent heuristiquement fécondes : le décryptage du code génétique battait son plein lorsque Crick donnait ses conférences. On sait moins cependant, comment l’usage non plus seulement théorique mais pratique des ordinateurs se répandit dans le champ de la biologie moléculaire. L’enjeu de cette demi-journée d’étude est de cerner plus précisément, à l’aide d’exemples allant des protéines aux cellules, l’introduction et l’usage des ordinateurs dans les sciences biomoléculaires. Si le programme de Crick peut sembler naturel rétrospectivement dans notre monde où les systèmes numériques sont au premier plan, il s’agira d’explorer les contraintes et la complexité de cette introduction qui n’avait rien d’inévitable.

Programme :

13h45-14h00 – Jérôme Pierrel (SPH, Universités Bordeaux 1 / Bordeaux 3)
Introduction.

14h00-14h45 – Marie Beurton-Aimar (LaBRI, Université Bordeaux 2)
Modélisation « in silico » pour la biologie : simulation multi-échelles du métabolisme.

15h00-15h45 – Frédéric Wieber (LHSP – Archives Henri Poincaré, UMR 7117 CNRS – Nancy Université)
Contraintes et ressources computationnelles dans l’histoire de la chimie des protéines : pratiques de modélisation et collaborations scientifiques autour des ordinateurs.

Pause

16h15-17h00 – Jérôme Pierrel (SPH, Universités Bordeaux 1 / Bordeaux 3)
Une génomique sans machines, ou la fabrique manuelle de la première séquence de génome.

17h15-18h00 – Miguel Garcia-Sancho (Department of Science, Technology and Society, Spanish National Research Council (CSIC))
From metaphor to practices. The introduction of ?information engineers? into the first DNA sequence database.